Bu Caminin temelinin atılışı ile ilgili şu olay anlatılmaktadır. Evliyaullahın büyüklerinden olan Ahmet Kuddûsî Hazretleri, Hacı Bektaş-ı Veli Hazretlerinin türbesini ziyarete giderken bu caminin temeli atılıyormuş fakat bu atılan temel bir türlü tutmamış. Kuddûsî hazretleri Hacı Bektaş’tan dönerken tekrar Derinkuyu’ya uğradığında caminin temelini yeniden atmışlar. Kuddûsî Hazretleri burada dua etmiş ve birde kitabe yazmıştır.
Bu kitabe şöyledir;
Mehmet Bey girub Ruhi Huda’ya
Bu Camii murat etti binaya
Cinana Cem için ehli guray ı
Verildi izni sultan-ı Nidaya
Deruni tak müşrik hep yıkıldı
Müezzin çıktığı demde salaya
O merhum validin Ahmet Beyin kim
Edüp çün tıyp malinden himaye
Civarında dahi mektep yapıldı
Sabiler kaldıra destin duaya
Düşüp ruhi Melegubia yeabdi
Derunim düştü tarihi edaya
Semada harf muaccen geldi tarih
Bu Cami’de sena edin Hüda’ya
Şeyh Ahmed Kuddûsî
(Kısaca kitabede, Mehmet Bey ‘in caminin yapılmasını murat ederek yaptırmasından ve cami’nin civarında Ahmet Bey tarafından yaptırılan mektepten bahsetmektedir. Ayrıca bu caminin yapılması ile bu yörede yaşayan müşrik(Hıristiyan) ahalinin üzülmüş olduğunu söylemektedir. Bu camide Allaha dua edin diyerek kitabeyi bitirmektedir. )